Національний транспортний університет першим серед вищих навчальних закладів України розпочав підготовку фахівців з організації дорожнього руху, економіки автомобільного транспорту, економіки дорожнього будівництва, обладнання і технології підвищення зносостійкості та відновлення деталей машин і конструкцій, організації перевезень та управління на транспорті.

Зараз в складі університету три навчальні інститути, один науково-дослідний інститут та вісім відокремлених структурних підрозділів: 3 навчально-консультаційні центри та 5 навчальних закладів І-ІІ рівня акредитації.

В НТУ здійснюється підготовка фахівців за 20 напрямами та 30 спеціальностями.